JavascriptとはHTMLファイル(Webページ)自体に、プログラムを入れて様々な機能を追加できるようになります。例えば、現在の時間を表示させたり、朝昼晩と来た時間によりページの背景色などを自動的に変更したり、Cookieと連携させれば閲覧者に何度目の訪問かを表示させたりなど様々な機能が追加できます。
しかし、稀にJavaScriptを悪用するサイトがあります。
なので、無条件にJavaScriptを実行するのではなく、事前に確認ウィンドウを表示するようにするといいでしょう。
インターネットオプションからセキュリティータブをクリックしてレベルのカスタマイズをクリックして、Javaアプレットのスクリプトをダイアログを表示するにチェックマークを入れてOKします。